微射流均質機是新一代的高壓均質機，其開拓性地使用了對射流金剛石交互容腔，大大提高了均質壓力的設計量程（高可達300MPA），并且讓物料形成超音速的兩股射流進行相互對射均質，一般而言均質機的壓力越高則均質后物料的顆粒粒徑越小，這在制藥行業特別是對于一些納米制劑特別有應用價值。納米制劑在藥劑學領域一般定義為1-1000nm的粒子，可以分為納米藥物和納米載體，納米載體具有緩釋作用及靶向性，在體內外有選擇性、低毒性和穩定性等優良性能，而納米藥物是將提高難溶成分的溶出速度從而提高生物利用度和藥效。微射流均質機的粒徑細化程度往往能達到100nm左右，甚至是以下。在納米制劑領域出現了越來越多微射流均質機的身影，常見的品牌有美國BEE、Genizer和Microfluidics等。下面例舉幾個制藥行業中使用微射流均質機的應用簡述。
1.聚合物納米粒是將藥物溶解、包裹或吸附在高分子基質中的微球。納米粒的粒徑與均質壓力和循環次數有直接的關系，隨著均質壓力的增大和次數增加粒徑和分布均有顯著的下降趨勢，但隨著壓力增大粒子載藥量和包封率會有所下降，一般50-100MPA較為合適。
2.脂質體是將藥物包封于類脂質雙分子層形成的薄膜中的超微球形載體。已上市的脂質體藥物有紫杉醇脂質體、兩性霉素B脂質體、鹽酸多柔比星脂質體等。微射流均質法對于脂質體生產有著重現性好，可大規模生產，顆粒均勻和穩定性好的優點。微射流均質機可以在70-150MPA壓力多次循環將脂質體粒徑均質到100-200nm甚至100nm以下。
3.脂肪乳是以植物油、磷脂乳化劑、等滲劑和注射用水制成的穩定水包油(O/W)，脂肪乳的制備需要先剪切制備初乳，再經微射流均質將粒徑控制在300nm左右。表面活性劑是影響乳劑液滴大小和聚結的主要因素，增加油相比例容易發生聚結，而均質壓力也需要控制在合適的范圍，過大容易破乳分層，太小則粒徑細化不夠，常使用微射流均質機在70-140MPA三次內均質。
以上是制藥行業中的部分應用，其外還有很多可以通過微射流均質的案例，例如小分子藥物的松團作用，難溶性藥物顆粒的細化以達到增溶和速溶，植物藥物成分的破碎提取等。
Nanogenizer30K作為美國Genizer公司研發的實驗型微射流均質機,高操作壓力200MPA，設計流量100ml/min,主要用作高校,研究所,企業實驗研發使用,配備*的對射流金剛石交互容腔可達到的均質效果,簡易快捷的操作可讓操作者即刻就學會使用.5ml小樣品量和1ml的殘留量能滿足更苛刻的研發要求，可以適用于制藥、生物技術、化工、食品和納米材料等行業的均質應用。